Der Stamm blickt auf eine stolze Geschichte zurück, die bis vor Kolumbus reicht. Die Miccosukee hatten ihren Ursprung in Nordflorida, ihr Siedlungsgebiet erstreckte sich im Norden bis zu den Appalachen und im Süden bis zu den Florida Keys. Durch die Invasionen der USA wurden die Miccosukee jedoch an den südlichsten Rand ihres angestammten Landes gedrängt. Obwohl nicht-indigene Anthropologen die Miccosukee oft mit ihren nördlichen Nachbarn, den Muskogee Creek sprechenden, verwechselt haben, waren die Miccosukee nur kurzzeitig mit den Creek verbündet und bilden eine eigenständige Stammesnation.

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